Ciao,
personalmente non penso che una società di hosting possa minimamente influenzare il posizionamento… invece l'uptime può!
Quel che ti è capitato io lo spiego così: il primo sito è scomparso dalle serp poichè nel momento di down lo spider è passato da lui e non l'ha trovato, l'altro sito ha avuto semplicemente più fortuna.