Ciao,
secondo me potresti scegliere tra:

- creare nuovi sottodomini
- suddividere le lingue in cartelle

In diverse occasioni ho scelto la prima opzione, a mio parere si riesce a suddividere meglio le lingue, ed ovviamente linkando le varie versioni, non dovresti avere problemi.

Il lavoro sarà leggermente più arduo, ma ogni sottodominio avrà il suo tema "linguistico" ben preciso, perchè tra le altre cose, sarai in grado di distinguere tutti i backlink, ad esempio quelli provenienti da pagine in inglese, punteranno al relativo sottodominio e così via.