Come spartiacque sulle annate puoi considerare sicuramente il 2007, anno in cui è stato introdotto il telaio di alluminio. A livello di motore non conosco bene le differenze fra i vari modelli, ma so che la Yamaha ci va molto piano a fare delle variazioni importanti dal momento che il suo motore è uno dei più riusciti, uno di quelli che nel tempo da meno problemi (a differenza di Honda per esempio, chiamato da qualche ex proprietario mangiavalvole).
Dalle mie parti si vocifera di qualcuno che ha comperato uno Yamaha 450f d'annata (circa il 2000) con 3 proprietari alle spalle, e ci ha girato senza mai che nessuno ci avesse mai aperto il motore... e tutt'ora gira.
Riguardo alle prestazioni considera che in genere i 2T vanno più forte perchè sono più leggeri, anche se è poi sempre il manico di chi gira che fa la differenza. Il 4t come il WR25F è a mio avviso più indicato per chi vuole fare un enduro estremo ma non dal punto di vista prestazionale, non per correre contro il tempo per capirci, ma per chi vuole fare giri lunghi ed esplorativi, quindi ha bisogno di autonomia, affidabilità e di un motore con un buon tiro anche nei bassi così da superare qualunqe asperità.