Un ringraziamento a Nadia che mi ha svelato la soluzione al problema.
Praticamente quando tutti i contenuti sotto container sono in div con proprietà float, firefox non allunga il container ma lascia che i float vadano oltre le sue dimensioni (con IE6 lo sfondo si vede).
E' bastato inserire un div, subito prima della chiusura del container con un
css clear:both.
Nell'altro sito infatti c'era il footer in clear:right e tutto funzionava.
Grazie e un saluto.