Devi stare attento che c'è png e png.
Se tu crei un nuovo file png e lo salvi poi come png, puoi stare tranquillo che ci puoi fare qualunque cosa e vedrai che i livelli e le trasparenze rimangono.
Se però invece di salvarlo lo esporti in png, i livelli si compattano e lo sfondo diventa bianco: questo però lo trasforma in un png "leggero" e fatto per il web.
Delle volte può capitare anche che parti lavorando magari su in jpg o tigg, un formato piatto e anche se lo salvi in png... il file si appiattisce: tutto sta a qual'è il formato con cui parti a lavorare.
Per non sbagliarti quindi, parti con un nuovo png sempre, o altrimenti quando salvi in png, spunta la casella "salva come copia" che trovi nella finestra di dialogo chiamata "salva con nome".
Credo che sia una specie di Bug, comunque facilmente risolvibile.