Penso d'aver capito cosa intendi poichè molte volte è capitato anche a me.
Stai usando il css vero?
Purtroppo explorer 6 fa quello che vuole. Molti possono confermarlo. Anche se a volte tutto è scritto come dio comanda potrebbe non visualizzarsi a dovere su esploder.
Ti consiglio di non tribolare troppo sul 6 , tra poco tutti avranno il 7 e chi adopererà il 6 si arrangerà.
Sai quanti problemi di classi ignorate, padding e margini sfasati ho avuto? Ed anche per gli interlinea, ecc ecc ...
Se il tuo sito è complesso e vuoi farlo funzionare perfettamente anche sotto il 6 avrai parecchio da sclerale.
Il 6 non supporta un fico di una trasparenza, i bug sono TROPPI.
Perchè morire dietro ad un affare fatto con il c..o?

ps: anche il 7 In alcuni casi si fa bellamente i fatti propri ... ma almeno su quello tutto deve funzionare a modino!