Il tuo problema è di più semplice soluzione.
Installa Microsoft Virtual PC 2007 SP1. Questo software creerà un ambiente all'interno del tuo pc del tutto identico ad una macchina reale. A quel punto potrai installare Windows 98 come se si trattasse di un programma dentro il Pc virtuale appena creato.
Gli unici requesiti sono aver abbastanza ram per fare girare XP (almeno 256 mb) e 98 (almeno 32-64 mb) in contemporanea.
Le prestazioni su macchine recenti saranno molto simili a quelle di una macchina vera, su macchine antiquate potresti avere dei rallentamenti.
Dopo aver scaricato Virtual PC dal sito Microsoft (gratuitamente con l'autenticazione della copia di XP). Installa il prodotto seguendo la procedura guidata, se usi Windows XP Home riceverai un messaggio di errore di "versione del sistema operativo non supportato", ignoralo e prosegui con l'installazione non ci saranno problemi.
Una volta terminata l'installazione, avvia il programma e segui la procedura guidata per la creazione di una nuova macchina virtuale, scegli Windows 98 come sistema operativo e decidi quanta ram e quando HD dedicargli in modo esclusivo durante il funzionamento dello stesso.
Finita la procedura avvia la macchina cliccando sul bottone avvia nella finestra principale del programma, inserisci il cd di windows 98 e procedi ad una comune installazione del sistema operativo (partizionamento disco, installazione pacchetti etc) come se fosse un pc vero, ma dentro una finestra. L'installazione appena eseguita è del tutto indipendente dal sistema sottostante quindi se fai un errore all'interno basta cancellare la macchina virtuale o ripristinarne una copia.
Ultimata l'installazione di Windows 98 in virtuale, installa le estensioni, in questo modo potrai entrare e uscire dalla finestra di windows 98 senza alcuna combinazione di tasti (ALTGR di default) e la velocità complessiva ne gioverà molto.

E' più difficile a dirsi che a farsi te lo garantisco , per ogni domanda non esitare a chiedere.