Come funziona la reazione di condensazione del legame peptidico?

Salve, sto studiando gli amminoacidi e le proteine ma ho dei dubbi che spero possiate gentilmente chiarirmi.
Il dubbio riguarda la reazione di condensazione che porta alla formazione del legame peptidico: sul testo che sto seguendo c’è scritto che il gruppo alpha-amminico agisce da nucleofilo e reagisce appunto con il gruppo ossidrilico del carbossile di un altro amminoacido. Ma quest’ultimo non è un buon gruppo uscente. Che tipo di reazione è ( oltre che di condensazione?). Potreste spiegarmi il meccanismo?
Grazie mille

Ciao,
La formazione di un legame peptidico tra due amminoacidi è un processo chiave nella sintesi delle proteine. Questo processo coinvolge una reazione di condensazione, dove viene rilasciata una molecola di acqua. Andiamo a vedere più nel dettaglio il meccanismo chimico di questa reazione.

Meccanismo della formazione del legame peptidico

Attivazione del gruppo carbossilico: Il gruppo carbossilico di un amminoacido deve essere attivato per rendere possibile la formazione del legame peptidico. In un contesto biologico, questo avviene tramite il legame dell'amminoacido ad una molecola di tRNA, formando un amminoacil-tRNA, oppure attraverso intermedi acil-fosfato o amminoacil-adenilato in altre vie di attivazione.

Nucleofilia dell'α-ammino: L'atomo di azoto del gruppo α-amminico dell'altro amminoacido agisce come nucleofilo. Questo significa che ha una coppia di elettroni non condivisa che può essere donata per formare un nuovo legame covalente.

Formazione del legame peptidico:
Il gruppo α-amminico (NH2) attacca il carbonio carbonilico (C=O) del gruppo carbossilico dell'altro amminoacido.
Questo attacco nucleofilo provoca l'apertura del doppio legame C=O, formando un intermedio tetraedrico.
L'intermedio tetraedrico è instabile e tende a collassare, riformando il doppio legame C=O. Durante questo processo, il gruppo ossidrilico (-OH) del gruppo carbossilico viene espulso come una molecola d'acqua (H2O).

Reazione di condensazione

Questa reazione è una tipica reazione di condensazione, perché due molecole si combinano per formarne una più grande, con la perdita di una piccola molecola (in questo caso, l'acqua). Il gruppo ossidrilico non è un buon gruppo uscente di per sé, ma l'energia libera fornita dal contesto cellulare, come l'idrolisi dell'ATP, rende possibile la reazione.

Schema della reazione

L'intero processo può essere schematizzato come segue:

Attivazione del gruppo carbossilico:
Aminoacido1 - COOH -> Aminoacido1 - COO^- - tRNA (o un altro intermedio attivato)

Attacco nucleofilo:
Aminoacido2 - NH2 + Aminoacido1 - COO^- -> Aminoacido2 - NH - Aminoacido1 - COOH

Formazione del legame peptidico:
Aminoacido2 - NH2 + Aminoacido1 - COOH -> Aminoacido2 - NH - C(O) - Aminoacido1 + H2O

Importanza delle condizioni biologiche

In un contesto biologico, la sintesi proteica avviene nei ribosomi e coinvolge l'energia fornita dall'idrolisi dell'ATP, che è fondamentale per l'attivazione dell'amminoacido e la formazione del legame peptidico.

Conclusione

Il meccanismo di formazione del legame peptidico è un esempio di reazione di condensazione in cui l'α-amminico agisce come nucleofilo e il gruppo carbossilico viene attivato per favorire la reazione. Questo processo è essenziale per la sintesi delle proteine e avviene in modo altamente regolato all'interno delle cellule.